Когда Изборск был перенесен со старого городища на Жеравью гору, изборяне решили не расставаться со своим небесным покровителем святым Николаем, деревянный храм которому стоял на месте нынешнего каменного, до сих пор украшающего место древнего поселения. В новой крепости тоже построили Николь­ский собор...

Впервые о появившемся в крепости храме летописи упоминают под 1341 годом, буквально через одиннадцать лет после того, как под руководством посадника Шелоги были возведены каменные стены крепости. А уже в 1345 году псков­ский князь Юрий и священнослужители из Пскова ездили в Изборск "свящати церковь" Спаса "на полатех" Никольского собора. Спасо-Преображенский придел храма существует и в сегодняшнем Никольском храме.